Это зависит от установщика. Все приличные установщики ставят так называемый обходчик иммобилайзера. В него кладется метка из ключа или ключ целиком. По простому это активный "усилитель" сигнала от метки. При этом этот обходчик нужно размещать на достаточном расстоянии от точки его считывания. Считывание метки, которая находится в машине, происходить только тогда, когда сигнализация дает команду на включение "усилителя". При отсутствии команды от сигнализации (если к примеру пытаться заводить копией железного ключа) штатный иммо не даст этого сделать, так как не увидит метку.
По поводу "бей стекло нажимай кесси". Тут тоже не все так просто. На механике, к примеру, контролем автозапуска является определенный танец с бубном: ручник, ключ, дверь, постановка на охрану. Если сеть в заведенную машину, но машина не увидит метку иммо, то при опускании ручника машина заглохнет. При АКП я так понимаю тоже самое, только завязано на перевод селектора в драйв.
Ну и плюс у пандоры есть еще и свои метки иммо.