Как это происходит у меня (авто конца 2010):
1. При заведённом двигателе стёкла никогда не работали ни с салонной кнопки, ни с ключа. Насколько я знаю, при заведённом двигателе кнопки на ключе должны блокироваться.
2. При заглушенном двигателе при постановку на охрану и удерживании клавиши на ключе, всё открытые стёкла закрываются. Аналогично, при снятии с охраны с ключа, стёкла открываются. ИМХО между центральным замком и стеклоподъёмниками связи нет - стёклами управляет штатная сигнализация.
P.S. Попробую сегодня помучить кнопки - вдруг я чего-то пропустил...