Скорее всего в бак попало некое Г, которое могло частично забить топливную систему. Бензопровод, топливный фильтр, форсунки, ещё какой нибудь фильтр (сеточку на бензонасосе как на ВАЗЕ стояла. Если в шкоде есть такая конечно). Словом причина у вас в неравномерной подаче топлива. Отсюда вывод - раз машина на гарантии долбите ОД. Пусть смотрят, диагностируют, меняют что угодно. ОБЯЗАНЫ. Не могут или не умеют или не хотят делать - Жалобу в представительство и руководству ОД в письменном виде. Сами позвонят, пригласят, оближут и всё сделают. Если не хочется ждать тогда к хорошим профи мотористам езжайте. Пусть диагностируют. Потом можно к другому ОД приехать, где умеют, хотят и могут устранить. Словом как то так.

Удачи в решении проблемы.