В общем почитал руководство. Есть раздел о том как снимать АКБ. Как при этом оставить автомобиль закрытым не написано, возможно при снятии автоматически блокируются двери. При открытии водительской двери с механического ключа, действительно, разблокируются все двери и багажник, alexiv прав. Я бы открыл капот, закрыл с ключа автомобиль, сняв перед этим с сигнализации, снял АКБ.
PS. Без аккумулятора сигнализация не работает, так что на это можно не обращать внимание