Если предположения ведут в сторону крышки багажника, значит она должна где-то люфтить. Т.е. на месте она должна слегка болтаться вверх-вниз. Расстояние между крышкой и кузовом регулируется пластиковыми упорами по бокам на кузове (выше прикладывали фото), резиновыми подушками на самой крышке и замком багажника. Но не обязательно, что гремит крышка, чтобы ей греметь, надо реально об кузов колотиться, от уплотнителя и прочих демпфирующих элементов там уже ничего не должно было остаться, люфт будет нехилый. Может болтаться банка глушителя, может что-то внутри крышки отвалилось и валяется, тогда надо пластик снимать. Подвеску шатали, может там сайленты умерли? Я полгода ездил с шумом из банки катализатора, приговорили, мол, надо менять, до 3 тыр оборотов нормально, дальше резонировало ужасно. Но потом полез смазывать кулису, выяснилось, что лямбда открутилась. Иногда сюрпризы возникают в совершенно неожиданных местах.