Скорее всего стук не в сцеплении, а в МКПП. Может быть как признаком неисправности (люфтов) подшипников, так и особенностью работы коробки. Например, про шум и стук МКПП двигателя 1.6 целые исследования написаны. У меня как раз такая МКПП серии 02Т. Под конец гарантии вынес мозг ОД по шуму и стуку и добился замены по гарантии всех подшипников первичного и вторичного валов. И ... ничего не изменилось.
Кроме того, может стучать и в неочевидных местах, например, в опорах двигателя.