При замене колодок не нужно ничего прокачивать. Можно только наоборот немного тормозухи из бачка убрать. Если по мере износа ты её доливал (а по другому не могло быть т.к. ход поршня увеличивается постепенно), а теперь ход опять стал обычным и возможно уровень выше максимальной отметки.
Возможно не притерлись колодки раз эффективности маловато.
Что за колодки стоят?