Страшно то,что Вы рассказываете. Я такого никогда не слышал. Шрусы проверяли? Единственное,что приходит на ум. Щелчки на рычаг передаются ударами? Да и масло в коробке проверить стоит на предмет стружки,если,как Вы говорите,дело в мкпп,то она ,стружка,там будет,рано или поздно,так что пока машина на гарантии-за коробку не переживайте,если в ней неисправность-то скоро она себя проявит в более жёсткой форме,поменяют коробку -да и все дела. А вот шрусы стоит посмотреть.