Езжайте-ка вы в сервис к дилеру не затягивая с проблемой, хоть на слух особо криминальных стуков и не слышно, но падение оборотов и потряхивание при стуках - нехороший признак. По вашему описанию (стук пропадает при выжимании сцепления), что-то в КПП чудит, и это означает, что есть немалая вероятность встать с поломкой посреди пути.
Удачи!