С такой проблемой сталкивался, правда не а Шкоде. Был у меня перед Туриком Крайслер Стратус так я с ним год маялся -не заводился на горячую.
Оказался - иммобилайзер. Отключил его полностью и все сразу пришло в норму. Может это тебе поможет ?