Чисто теоретически, может стявят замки капота, и отверстие в перегородке не загерметизировали? Если кто нибудь помнит что на жигулях 2101,03,06 на новой была проблемма, протекала вода через щель между крылом и панелью крепления трапеции дворников, ее залепляли пластилином, может надо так-же сделать? В любом случае надеюсь что это просто резинка какая-то, еще бывает что дренаж кондиционера протекает на полик. Главное не отчаивайтесь, эта проблемма характерна для многих новых автомобилей не только шкода.