Да это совсем необязательно, что неисправность мозгов будет стабильная. Она может воспроизводиться, а может и нет..
Единственный хороший вариант проверить предположение о повреждении ЭБУ - это поставить заведомо исправный и попробовать воспроизвести проблему.

Прежде, чем менять весь блок ЭБУ, попробуй почистить на нем контакты и клеммы. Все-таки 98г.в., мож подокислилось чего за 13-то лет.
И чисто теоретически может помочь перепрошивка ЭБУ. Не факт, что это поможет, но все же...