У большей части уплотнителей, т.е. резинок на кромках багажника и дверей, внутри идут железные направляющие, которые и имеют свойство быстро ржаветь. Если эта резинка повреждена, как в Вашем случае, то этот процесс убыстряется. Выход один, или резинку на х...(взамен на новую), или забить и так гончить.
Вы б видели, что бывает с внешними резинками боковых стёкол на Ауди Q-7, я в шоке был...