Не знаю как у шкоды, но у фольксвагенов есть болезнь что метал в потолке хреново заварен и швы расходятся со временем и метал об метал дребезжит, снимают обшивку потолка и закрывают/открывают дверь создавая разряжение воздуха в салоне и слушают потолок (обычно в верхнем районе лобовухи).