У меня на VW Bora была такая проблема. Оказалось до меня снимали задний правый фонарь и не поставили уплотнитель. После чего как дождь, так пол багажника воды. Купил в магазине оконный уплотнитель резиновый Е-образный. Проклеил им по периметру фонарь и в багажнике стало сухо. :-)