Всем спасибо за помощь. Заехал к диагносту, посмотрел, с коробкой все в порядке. Какие то перебои в движке, из-за этого коробка "ругалась" на движок.
Все отладил, адаптировал и настроил. Коробка переключается как никогда плавно.