На слух я так понял частота КВ.
ТС, авто заводил с выжатой сцепой, а на 20 секунде начал плавно включать сцепление? Или стук появляется с уже включенной сцепой?
Такое ощущение, что это биение первичного вала+сцепа+маховик+КВ, биение возникает в опорах КПП, т.е. возможно с резонансом просчитались - собственная частота системы резонирует с частотой КВ. Чуть крутануть отстраиваится частота и биение исчезает. Это теория.