В крышке багажника нечему бренчать, если только туда сознательно не накидали ведро болтов. Под обшивкой установлен механизм замка, если он не люфтит не болтается, значит не в нем дело. Для эксперимента можете чуть выкрутить резиновые упоры на крышке, чтобы она закрывалась внатяг, тогда точно исключите возможность дребезга от крышки. Вытащите все из багажника, запаску, домкрат, полку, разложите сиденье, посадите кого-нибудь за руль, а сами слушайте откуда идет звук. Чужие уши не ровня своим)