Дело может быть и в кулисе, она не полностью или не правильно закручена и немного не туда может идти "втыкание" передачи, хотя это не АвтоВаз конечно, я такое там наблюдал.
При таких проблемах (нечастый хруст на 3-й), если откинуть кулису, я бы для начала проверил уровень масла в коробке.
А так, сложно подсказать что-то другое. К дилеру нужно ехать и показывать и доказывать по факту, а так как всегда бывает - приехал, а звуков то нет. Скажут, что сами не правильно включаете.
P.S. Читал где-то (может и у нас на форуме), что проблемы с выжимным подшипником бывают, но не переживайте, если что он у Вас ещё до окончания гарантии развалится.
