В общем, пока писал - уже догадался, как решить проблему. Попробовал - получилось: разбил эти 2666 трека по трем папкам, примерно по 900 песен. Вуаля - магнитола стала видеть все песни (очевидно, что стоит ограничение по количеству песен в 1000 штук на папку на сд-карте, 1001-я по алфавиту уже не будет отображаться и воспроизводиться).