Спинки задних сидений, имея люфт в кронштейнах, способны создавать низкочастотный гул. Смотрите в эту сторону. Так же, возможно, не отрегулированы упоры двери багажника.
А то, что Вы говорите про стекло - физически невозможно. Это вклеенное закаленное стекло толщиной 4 мм. У него частота собственных колебаний на верхнем пределе человеческого восприятия - это к вопросу резонанса.