А характер шума меняется или он однотонный и при разгоне на разных передачах и при торможении двигателем и на нейтрали? А при поворотах? Вибрация педали сцепления может быть из-за корзины сцепления или выжимного подшипника. Самому не послушав трудно определить, но я на 90% уверен, что это не коробка, может только главная передача, если шум меняется при разгоне и при торможении двигателем.