Если заглушить и потом завестись заново и какое-то время все работает нормально, то возможно это катушка зажигания.
Проблема такая возникает со временем на octavia, если это она то ничего страшного, главное поменять и не тянуть с этим.

Вот тут можно почитать:
http://www.drive2.ru/cars/skoda/octa...1614/#comments