У себя тоже наблюдаю этот стук, практически с момента покупки авто. Действительно, очень напоминает если бутылку на бок положить в багажнике и каждый раз при трогании и остановки она будет перекатываться и биться о стенки при этом издавая глухой стук, только в данном случае это все действо происходит где-то под капотом и ощущается слабыми ударами на педалях.