Стоит заметить, что частота стука кратно ниже частоты вращения коленвала. Значит источник стуков может находиться либо где-то в ГРМ (распредвалы вращаются в два раза медленнее КВ), либо в КПП (если мкпп - стук при выжиме сцепления пропадает?)
А так, для начала можно попробовать воспользоваться подручным стетоскопом, или возможно просто вибрации передаются где-то через несанкционированный контакт двигателя с неподвижными частями...