С похожей проблемой на днях столкнулись с установкой Пандоры 3910 на Audi A3. Ставили согласно рекомендации Alarmtrade. Подключения те же что и у Шкоды. Появились те-же симптомы что у Вас.
Переделали подключения у замка зажигания, все ошибки пропали работает всё без проблем. Обязательно нужно подключить статус ключ в замке.
Какую блокировку делали от сигнализации и где? Пишите в ЛС.
Да, автомобиль случайно не оснащён функцией остановки двигателя в пробках?