От себя хочу отметить:
1. в коробку и двигатель конечно закладывают резерв, но вряд ли 30-50%, коробка это не только валы и шестерни, это еще и сцепление и маховик... и это относится не только к АКПП... достаточно вспомнить про ДСГ, как на них летели диски каждые 40 тыс км без всякого чиптюнинга... а на АКПП к 100тыс км практически однозначная замена гидроблока... соответственно увеличивая мощность и крутящий момент вы чисто механически уменьшаете ресурс агрегатов, а при чрезмерной нагрузке они просто могут выйти из строя
2. увеличение мощности ведет к увеличению расхода топлива (чудес не бывает, энергия из неоткуда не берется), что приводит к изменению рабочей температуры, на которую система охлаждения может быть и не рассчитана... причем это относится и к двигателю и коробке (особенно АКПП), на некоторых авто даже ставят доп радиатор охлаждения коробки, и это без чиптюнинга, а просто, чтобы коробка дольше протянула...
3. как следствие из 1-2: требуется сокращение интервалов замены масла в двигателе и коробке, в форсированных моторах оно теряет свои свойства гораздо быстрее... +все тот же износ деталей двигателя (кольца, валы, вкладыши и т.д.)... как пример моторы формулы 1: две гони - мотор на помойку
4. лаг педали обусловлен переходными режимами, и скорее всего связан с продлением жизни катализатора (который тоже конечно же рассчитан на определенный режим работы, температуры и чистоту выхлопа, в том смысле ,что неправильное смесеобразование может его убить)

ну и в итоге: а стоит ли мешать работать новой машине? я очень сомневаюсь, что тюнингисты умнее спецов крупного концерна, где доводке и испытаниям отводится огромное количество времени и миллиарды евро...
Вы правда думаете, что производитель из вредности занижает характеристики двигателя?...