Вот что понял я, изрядно поковырявшись на форумах:
1. Лючок закрывается. Но там своя причуда: если не ошибаюсь, чтобы его потом открыть надо будет снять с охраны и включить зажигание.
2. Двойное запирание выставляется в настройках.
3. Если не включен режим slave, то штатная сигналка и Пандора работают по отдельности: если ставишь на охрану Пандору, то снимать с охраны надо пандору. Если ставишь на охрану штатку, то снимать с охраны надо штатку. Если ставишь на охрану обе, то снимать с охраны надо обе.
Если включен режим slave, то на охрану встает только штатная сигнализация, а все остальные функции (автозапуск и т.д.) выполняет Пандора. Причем ставить и снимать на охрану можно будет как ключами штатной сигналки, так и брелоками Пандоры.
Но охранные функции Пандоры все-таки покруче, чем у штатки. Диалоговый код и все такое...