У меня была похожая трабла, только с включением задней на МКП-6. Поменяли вилку выжима - стало нормально. Шкода хотела списать на особенность работы коробки. Теперь изредка похрустывает, но некритично, и теперь, действительно похоже на особенность работы.
Засада у меня в том, что коробку сняли, машина в сервисе стоит ждет запчастей. Вчера был у ОД. Он открыл заказ наряд на диагностику, сроком 45 дней. На ремонт не открыл. Вам вилку меняли сразу??